El lector funciona porque al conectarlo y poner el dni me ha saltado un aviso de que el dni eléctronico estaba caducado o sin vigencia cosa que ya me suponía.
Luego he instalado el software descargado de la web de la dirección general de policía y lo he instalado sin problemas, pero a partir de ahí no he conseguido hacer nada más. Si intento verificar el dni desde la web de la FNMT me valida el certificado digital que tengo instalado, pero no consigo que valide el dni. Si quiero firmar un pdf, sin problema con el certificado digital, pero no me sale la opción para firmar con el dni electrónico.
De momento lo he dejado correr porque me he cansado de pelearme con todo esto que tal como dices es un quebradero de cabeza. Otro día lo volveré a intentar empezando por desinstalar ese software y si no lo consigo ya pediré ayuda por aquí en algún hilo más adecuado que éste.