Yo apuesto a que durante un tiempo veremos las aplicaciones en el iPhone 5 con bandas negras por arriba y abajo en vertical o a izquierda y derecha en horizontal, siendo esto algo que hará el propio sistema operativo mientras no detecte que las aplicaciones están preparadas de forma nativa.
Recuerda a la transición entre el formato 4:3 y el 16:9 ¿no?
Apple habrá desarrollado ya sus aplicaciones básicas para que funcionen en esa resolución y como la mayoría de usuarios usan Safari, Mail y poco más... no habrá realmente un sentimiento de decepción total, pero a los desarrolladores se os plantea trabajo por delante para soportar adecuadamente cada tipo de dispositivo.