Me he despertado dandole vueltas al tema y me he liado a solucionarlo...
El tema es que estaba diciéndole al Airport Extreme que extendiera la red Wireless, eso lo que hace es establecer una conexión a través del Wifi al Time Capsule, que al luego conectar el cable de cobre, montaba un loop y la red se caía.
Hay que seleccionar "crear una red wireless" en ambos equipos.
Los puertos que he usado son los de WAN en ambos casos como uplink.
Ahora parece que funciona.
Eso si, tengo los dos equipos ahora en el despacho y he notado una bajada del rendimiento del wifi cuando están los dos.
Desde el iPhone me llegaba el Speedtest a 10Mbps (tengo mas o menos eso), en cambio con el Airport encendido no pasa de 7Mbps. Quizás esté creando muchas interferencias. Mañana pondré el Airport Extreme en su ubicación definitiva a ver que pasa.
También he activado los 5GHz, pero creo que lo desactivaré, el rendimiento con 2,4GHz es bueno y al ser una casa, no tengo mucha interferencia.
Otro apunte, el SSID para la red 2,4GHz o 5GHz puede ser la misma o diferente, por defecto cuando la activas, te pone el mismo SSID con la coletilla "5GHz". Eso facilita el que quieras diferenciar que algunos equipos vayan por una u otra priorizando un SSID sobre el otro. Si dejas el mismo SSID, cada cliente se conectará por una frecuencia u otra indistintamente, la primera que responda.