La cantidad de disco reservado para puntos de restauración del sistema se puede ajustar y así no llevarte una sorpresa como esa. Por defecto creo que Windows usa hasta un 10% del disco de sistema, lo cual para un disco tan grande es una barbaridad (200GB). El ajuste mínimo del 1% sería suficiente e impediría tener un agujero negro en el disco duro.
También en el liberador de espacio hay una opción para limpiar archivos de sistema donde se pueden quitar cosas ocultas que pueden ocupar varios gigas como las copias de seguridad de las actualizaciones y service packs, copias de versiones anteriores de drivers y logs varios.
Ah, y el motivo de no ver ese espacio extra ocupado en el explorador de Windows tiene que ver con que Windows tiene carpetas ocultas de sistema que no se muestran simplemente activando los archivos ocultos, básicamente las que contienen todo lo citado. Hay una opción para mostrarlas pero aún así te darán acceso denegado y limpiarlas manualmente es una mala idea, así que lo mejor es dejarlas estar.