Resulta que Los Otros vivían en barracas desde antes del accidente, en la isla, y se hacen pasar por indigienas todavía no se sabe con que motivo. Jack es utilizado por los otros para curar a Ben de un tumor, pero en la mesa de operaciones amenaza con matarlo si no dejan libres a Sawyer y Kate. Los tres estaban encerrados en otra isla distinta, un atolón cercano a la isla que conocemos. Jack se queda con los Otros.
Mientras tanto, Locke y Eko siguen buscando una señal de la Isla y Desmond reaparece desnudo y magullado, pero vivo. Resulta que ahora Desmond puede ver el futuro y previene a Charlie de su muerte, la cual logra varias veces. Resulta que el hermano de Eko es el curo nigeriano que se estrelló en la avioneta que mató a Boone, y ocupaba el lugar de Eko, que era quien tendría que haber realizado ese viaje. El monstruo de humo se le aparece a Eko y le hace unas "fotos" o le da recuerdos o se los roba... no queda claro, pasa algo extraño.
Los Otros supuestamente son una organización cientifica que reclutaron a Juliet para hacer unas investigaciones en la isla, tambien, por lo visto, tienen una habitación misteriosa donde parece que le lavan el cerebro a la gente, con cosas sobre un tal Jacob.
En sus visiones, Desmond se ve a si mismo en el pasado, pero con consciencia del futuro, y está a punto de evitar ir a la isla cuando una misteriosa señora, Eloise Hawkings le dice que debe ir, pues es su destino.
De vuelta con los supervivientes, Kate organiza con Locke, la francesa y Sayid una partida de rescate para traer a Jack, cuando descubren en su camino un puesto de comunicaciones regentado por un ruso con un parche. El ruso trabaja para los Otros y lo sabe todo sobre ellos. Accidentalmente, Locke hace que estalle el puesto de comunicaciones, perdiendo toda la información que tenían sobre los Otros y con el mundo exterior.
Locke resulta que se quedó paralitico cuando se peleó con su padre y este le tiró desde un edificio, partiendole la espalda. El equipo de rescate llega las barracas donde viven los otros y ven a Jack conviviendo sin problemas con ellos, Locke llega a hablar con Ben y este le manipula diciendo que es especial y toda esa mierda, el caso es que resulta que los Otros tienen al padre de Locke encerrado y le dan la oportunidad de matarlo, pero él no se ve capaz, a si que sabiendo por los Otros que Sawyer era un delincuente, se lo pide a él, que ahorca al padre de Locke sin problemas. Locke evita que Jack y Juliet dejen la isla como pago por sus servicios haciendo estallar el transporte que queda: un submarino que pertenecía a los Otros y con el cual entraban y salían de la isla.
Capitulo relleno: dos secundarios de estos que nunca salen entre los supervivientes, Nikky y Paolo resulta que son dos ladrones de diamantes y que ella era actriz de una serie tipo angeles de Charlie llamada Exposé. Nikky y Paolo hacen el tonto todo el episodio y terminan mordidos por arañas venenosas cuyo efecto es que parecen muertos. Los demás supervivientes los encuentran, creen que están muertos, y los entierran en vida. Nadie vuelve a mencionar nada.
Juliet y kate se van de las barracas, son perseguidas por el monstruo de humo que les hace lo mismo que a Eko, Juliet consigue parar al monstruo gracias a una barrera sónica instalada alrededor de las barracas. Pero lo cierto es que Juliet es de los Otros y igual que Ethan y Goodwin ahora está de espía entre los supervivientes, solo que al final traiciona a Ben y deja de trabajar para él.
Desmond sigue con sus visiones y ve un rescate en helicoptero, Charlie, Jin y Hurley le creen y van con el a cierto punto, donde se encuentran con una paracaidista que lleva una foto de Desmond y Penny consigo. Cuando esta despierta, dice llamarse Naomi y les pregunta quienes son, ellos dicen que los supervivientes del 815 y ella dice que imposible, que se supone que están muertos. Sigue teniendo visiones de la muerte de Charlie. Sun resulta que está embarazada de Jin.
Naomi explica que vino en una misión con un barco, los demás creen que vienen a rescatarlos. Flashback de Ben: nacido fuera de la isla, su madre murió al nacer él, de niño entra a formar parte de la Inciativa dharma, en la isla, que están en guerra con los Nativos. Ben crece y se hace amigo de los Nativos, matando a todos los miembros de la Inciativa Dharma con gas venenoso. La Purga. Entonces los Nativos son los Otros y Ben su lider, que escucha a un lider superior, Jacob. Ben lleva a Locke a ver a Jacob pero cuando llegan a una extraña cabaña abandonada, Ben parece hablarle a una silla vacía, Locke piensa que le toma el pelo hasta que oye que alguien le pide ayuda. Cuando le dice a Ben que lo ha oído, este, temeroso de que sea cierto que Locke es especial, le pega un tiro, pero lo hace en la zona donde no tiene el riñón que le extirpó su padre, asi que no muere, se le aparece Walt y le dice que tiene algo que hacer...
Charlie, enterado de las visiones, oye como Naomi dice que hay una señal interfiriendo para que ella pueda contactar con su barco, asi que se ofrece a desactivar esa señal, que se encuentra en una base submarina (el cable aquel que iba al agua que encontró Sayid en lap rimera temporada cuando se cruzó con la francesa) llega y Desmond decide seguirle, pero es tarde: desactiva la señal y Penny aparece transmitiendo un mensaje, Charlie le pregunta si es su barco el que ha venido pero ella dice que no. Antes de que la base se inunde, Charlie consigue avisar a Desmond de que no es el barco de Penny, y muere.
Mientras tanto, Jack, harto de tanta mierda, entre en modo berserk y prepara una trampa para los Otros, poniendo cargas explosivas en el campamento para cuando vengan a buscarlo y yendo a la torre de radio, secuestrando a Ben, dandole unas cuantas hostias y esperando a que Naomi contacte. Como Charlie se sacrifica para dejar pasar la señal de socorro, Naomi consigue contactar pero... Locke aparece y la mata por la espalda. Locke no quiere que nadie salga de la isla.
Mientras tanto, vemos a Jack en LA, borracho, enpastillado, intentando suicidarse, con barba... muy mal, vamos. Acude a un entierro de alguien que no sabemos quien es y finalmente, queda con alguien en un lugar apartado...¡Es Kate! ¿pero esto no era un flashback? No, es el futuro (o el presente, mejor dicho) y ya han salido de la isla, Jack, entre sollozos le pregunta porque no fue al entierro de su "amigo" y Kate dice que no era su amigo. Kate se aleja y Jack mientras tanto, en el momento más grande de la serie hasta ahora, le grita desesperado...
"¡TENEMOS QUE VOLVER, KATE!"