Lo de si las personalizaciones son buenas o malas es muy relativo.
Para los usuarios avanzados a los que les gusta tener un alto nivel de control sobre el terminal suele ser un factor negativo porque tienen una idea muy clara de cómo quieren que funcione el terminal, desde instalar apps para sustituir cosas que vienen de serie hasta hacer root o cambiar la rom por una alternativa más de su gusto.
Pero no todo el mundo utiliza así los móviles. El usuario medio no tiene ni idea de muchos de estos cambios de nivel avanzado o directamente no le interesa dedicarle tiempo a eso. En estos casos, que un móvil traiga determinadas mejoras en cuanto a funciones o apps de serie puede facilitar la vida a mucha gente, mejorar la experiencia "out of the box".
Yo mismo tengo un Samsung Note 3 (más de 3 años y contando) con su Android 5.0 oficial (eso si, actualización de seguridad de septiembre) y con el paso del tiempo me he dado cuenta de que cuando Google anunciaba Android 6.0 había algunas características que yo ya tenía (por ejemplo la personalización de los toggles en la barra de notificaciones) y lo mismo con Android 7.0 (multi-window, fondo independiente para la pantalla de bloqueo).
Tampoco pretendo decir que tener un Android 5.0 personalizado sea mejor que tener un AOSP de 6.0 ó 7.0, pero debo reconocer que gracias a esa personalización he tenido características útiles que, de no haber sido incorporadas en mi modelo por iniciativa propia de Samsung, es posible que no me hubieran llegado nunca de haber tenido que esperar a que Google lo añadiera en Android, y tampoco he tenido que buscarme la vida para conseguirlas. Es decir, en ciertos aspectos la personalización ha mejorado mi experiencia de usuario respecto a un Android puro.
Y esto no es una defensa de Samsung o de la personalización como tal, pero creo que estamos ante un vaso por la mitad y verlo medio lleno o medio vacío depende de cada uno, y en ambos casos por motivos totalmente válidos.
En mi caso me ha ido bastante bien con la rom de fábrica de Samsung y, salvo algún formateo y desinstalar/deshabilitar algunas apps preinstaladas que no uso, no me he complicado mucho más la vida y me ha ido bastante bien. De hecho lo único que me ha estado volviendo un poco loco últimamente era que el consumo de batería de los Google Play Services era una pasada (a menudo más de un 20%) pero parece que con los últimos apk (la Play Store va con algo de retraso en cuanto a versiones) todo ha vuelto a la normalidad.