Respuesta: El post de OS X (Mountain Lion 10.8 llega en Julio)
La instalación limpia es el mejor método para actualizar, pues instala los archivos del nuevo sistema operativo sobre el disco vacío, y de esa forma no se acumulan archivos y configuraciones antiguas. Con ese método es necesaro realizar una copia de seguridad previa del sistema con Time Machine y restuararla con el asistente de migración una vez realizada la instalación del sistema. Es un proceso sencillo, más largo que la actualización directa y con mejores resultados, pues tienes un equipo como si lo acabaras de recibir de fábrica.
La actualización es muy distinta, pues lo que realiza es actualizar los componentes a las nuevas versiones tras la descarga del archivo de instalación, que convivirán con cualquier tipo de basura que se haya generado por el camino. En función del tiempo de uso del sistema y de las aplicaciones instaladas, habrá más o menos basura ya que cada usuario es un caso distinto.
¿Cuándo es recomendable una u otra? En mi opinión, una buena práctica sería usar la instalación limpia cuando hay un cambio de versión, 10.5 (Leopard) > 10.6 (Snow Leopard) > 10.7 (Lion) > 10.8 (Mountain Lion) y realizar las actualizaciones con las versiones intermedias como las 10.7.1 > 10.7.2 > 10.7.3 > 10.7.4 de OS X Lion, que además se pueden hacer cómodamente desde la Actualización de Software.
Estas actualizaciones intermedias también pueden ser realizadas de dos formas: con la actualización "Delta" o con la "Combo" o actualización combinada. En el primer caso se trata de una versión reducida y adaptada a nuestro equipo, mientras que la segunda es una versión completa que sirve para cualquier equipo. Los resultados de la actualización combinada suelen ser mejores que los de la delta, pero es algo con lo que no hay que obsesionarse.
Por último, de vez en cuando conviene reiniciar el equipo pulsando la tecla opción, elegir el volumen de recuperación como volumen de inicio y arrancar la Utlidad de discos para reparar los permisos del disco del sistema.
Espero haber aclarado algo el tema.