Es difícil que un Mac vaya mal porque lo hayas "sobrecargado" de programas. Sí que puede suceder que algún programa de los que has instalado impida que funcione de forma óptima, pero por muchos programas que instales, el Mac no irá peor...
No entiendo qué es lo que quieres decir con "El MacBook Pro lo sincronicé con el iMac". ¿Te refieres a que has restaurado una copia de Time Machine del iMac en el MacBook Pro? Si lo has hecho bien, instalando primero de forma limpia el sistema operativo, no debieras tener ningún problema.
Mi consejo es que instales de forma limpia el sistema en el MacBook Pro y que después restaures la copia de Time Machine que tengas, si es la del iMac pues la del iMac, y si es la del MacBook Pro la del MacBook Pro.
Para instalar el sistema de forma limpia necesitarás el disco de instalación, el cual puedes obtenerlo a partir de la descarga de OS X Mountain Lion 10.8.2 desde la Mac App Store. No te recomiendo que uses Lion 10.7 y sí que actualices a la última versión disponible del sistema, que funciona francamente mejor.
Te vendrán bien estos hilos: