Tibe, errores de cálculo no creo. Comprueba que tienes incluidas a las niñas, la deducción por vivienda, posibles donaciones. No se me ocurren otras cosas, y no todas son variables que puedan haberse tenido en cuenta por la empresa para calcular el tipo de retención.
Si tienes confianza con la gestoría imprime la declaración y que te señalen dónde puede estar el error. Piensa que las retenciones se calculan en función de las circunstancias familiares personales y familiares que el pagador conoce porque tú se las pones de manifiesto. Los datos de tu contrato (tipo, cuantía de las retribuciones), obviamente también los conoce. Con esos parámetros, se calcula la retención como si la declaración a presentar fuese individual.
Si hubiese un error, claro que se puede solucionar, pero lo primero es asegurarse.