Realmente es seguro que no falla?
Yo lo he repetido infinidad de veces en el MacBook Air, borrando el disco duro desde la Utilidad de discos tras realizar la copia con Time Machine. Lo he hecho también con el iMac y nunca he tenido ningún problema, ni siquiera con las versiones beta de OS X Mountain Lion.
Comprueba en las preferencias de Time Machine que no tengas ninguna exclusión definida, pues si así fuera, eso no se guardaría. Si no sabes cómo se definen las exclusiones, lo más probable es que no las hayas establecido nunca y no debas preocuparte, pero no está de más mirarlo.
Aún así, puedes quedarte más tranquilo realizando una segunda copia en otro disco. Y si quieres asegurarte de que Time Machine no será el culpable, puedes copiar los contenidos realmente valiosos (documentos, fotos, vídeos, etc.) en un disco externo a través del Finder.